Trong 'Vỏ Bọc Ma ARISE border: 3 Nước Mắt Ma - Ghost in the Shell Arise - Border 3: Ghost Tears', những tưởng Motoko Kusanagi và Batou chỉ đang tận hưởng một kỳ nghỉ lãng mạn, nhưng thực tế, họ đang âm thầm thực hiện nhiệm vụ ngăn chặn một tổ chức khủng bố nguy hiểm mang biểu tượng Scrasath. Cùng lúc đó, Togusa, với bản năng điều tra sắc bén, bắt đầu lần theo dấu vết của một vụ án mạng bí ẩn. Nạn nhân là một người đàn ông sở hữu một chiếc chân giả công nghệ cao, được sản xuất bởi Công ty Chân của Nàng tiên cá – một tập đoàn chuyên về thiết bị cyborg. Điều tra của Togusa dần hé lộ những bí mật đen tối ẩn sau công nghệ tiên tiến này, và một âm mưu phức tạp đang đe dọa trật tự thế giới.
