Học viện tư thục Mihama, bề ngoài mang vẻ tĩnh lặng và bình dị của một ngôi trường vùng quê, lại là nơi trú ẩn của năm nữ sinh đặc biệt, mỗi người mang trong mình gánh nặng quá khứ và những vết thương lòng sâu sắc. Bước ngoặt xảy đến khi Kazami Yuuji, một học sinh thứ sáu bí ẩn, gia nhập học viện. Yuuji không hề kém cạnh những người khác về cá tính mạnh mẽ và những bí mật ẩn giấu. Bắt đầu từ những cuộc gặp gỡ tình cờ và những tương tác nhỏ nhặt, những mối liên kết dần hình thành giữa sáu con người cô đơn. Sự thấu hiểu sâu sắc bắt đầu nảy nở, khơi dậy những cảm xúc bị chôn vùi và từng bước chạm đến những góc khuất trong tâm hồn mỗi người. Khi những rào cản sụp đổ, những câu chuyện quá khứ bị giam cầm trong trái tim các cô gái của *Trái Cây Vùng Grisaia* dần được giải phóng, mở ra một chương mới trong cuộc đời họ.
