Trong "Pokémon: Mewtwo Phản Công – Tiến Hóa - Pokémon the Movie: Mewtwo Strikes Back - Evolution", Ash Ketchum, Misty và Brock, những nhà huấn luyện Pokémon đầy nhiệt huyết, nhận được một lời mời đầy bí ẩn từ một nhân vật chưa rõ danh tính. Hành trình của họ dẫn đến một hòn đảo hoang vắng, nơi họ phải đối mặt với Mewtwo, một Pokémon huyền thoại được tạo ra từ khoa học và khao khát sức mạnh vô song. Mewtwo, mang trong mình nỗi oán hận với nhân loại, quyết tâm chứng minh sự vượt trội của bản thân bằng cách khơi mào một cuộc chiến tàn khốc, đặt ra câu hỏi về giá trị của sự sống, nguồn gốc và mục đích tồn tại của mỗi Pokémon. Ash và những người bạn sẽ phải làm gì để ngăn chặn cơn thịnh nộ của Mewtwo và bảo vệ thế giới Pokémon khỏi thảm họa?
