Năm C.E 75, tàn dư của chiến tranh vẫn âm ỉ cháy, khơi mào cho những cuộc xung đột mới. Phong trào đòi độc lập lan rộng, song song với đó là những hành động vũ trang tàn bạo do Blue Cosmos xúi giục, đẩy thế giới vào bờ vực hỗn loạn. Để kiểm soát tình hình và kiến tạo hòa bình, tổ chức Compass ra đời, đặt dưới sự lãnh đạo của Tổng thư ký Lacus Clyne. Kira Yamato, với tư cách là một thành viên chủ chốt của Compass, cùng những người đồng đội không ngừng dấn thân vào các điểm nóng chiến tranh trên toàn cầu, nỗ lực dập tắt những ngọn lửa hận thù. Trong bối cảnh ấy, Foundation, một quốc gia non trẻ đầy tham vọng, bất ngờ đề xuất một chiến dịch chung nhằm vào trung tâm đầu não của Blue Cosmos. Liệu đây là một cơ hội để chấm dứt chiến tranh, hay chỉ là một nước cờ nguy hiểm, mở ra những cuộc xung đột khốc liệt hơn trong 'Mobile Suit Gundam SEED FREEDOM'?
