Cuộc sống yên bình của Kenshin Himura bên cạnh Kaoru và những người bạn tại võ đường Kamiya Kasshin bỗng chốc bị phá vỡ khi chính quyền Minh Trị tìm đến anh với một yêu cầu khẩn thiết. Makoto Shishio, một kẻ sát nhân tàn bạo với quá khứ u ám không kém Kenshin, trỗi dậy từ bóng tối. Hắn từng là một Hitokiri giống như Kenshin, nhưng bị chính những người từng sử dụng hắn phản bội, thiêu sống và bỏ mặc cho cái chết. Tuy nhiên, Shishio đã sống sót một cách tàn khốc và giờ đây, ẩn náu tại Kyoto, hắn tập hợp lực lượng để thực hiện một âm mưu khủng khiếp: lật đổ chính quyền đương thời. Dù Kaoru hết mực can ngăn, Kenshin không thể khoanh tay đứng nhìn. Anh nhận lời chính phủ, lên đường đến Kyoto trong 'Lãng Khách Kenshin 2: Đại Hỏa Kyoto - Rurouni Kenshin Part II: Kyoto Inferno' với gánh nặng trên vai: ngăn chặn cuộc nội chiến đang nhen nhóm, bảo vệ tương lai của Nhật Bản và đối diện với bóng ma quá khứ mang tên Shishio Makoto.
