Trong **Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo**, Ikari Shinji, sau một hành trình dài bị giam cầm trong Unit-01, cuối cùng đã tỉnh giấc. Nhưng sự trở lại của cậu không mang theo niềm vui, mà là một cú sốc lớn. Thế giới xung quanh cậu đã hoàn toàn thay đổi sau Chấn Động Thứ Ba, một sự kiện kinh hoàng mà cậu không hề hay biết. Mọi thứ trở nên xa lạ, đáng sợ, và những người từng là đồng đội thân thiết, giờ đây lại nhìn cậu bằng ánh mắt thù địch, xem cậu như một tội phạm chiến tranh. Shinji quyết tâm đi tìm lời giải đáp cho những sự kiện bí ẩn này, đồng thời tìm kiếm Ayanami Rei, hy vọng rằng cô cũng đã được giải cứu khỏi Unit-01. Tuy nhiên, hành trình của cậu càng trở nên rối ren và phức tạp hơn khi anh bị cấm túc, không được phép điều khiển Eva. Thậm chí, nơi cậu đang ở không còn là Trụ sở NERV quen thuộc, báo hiệu một cuộc chiến mới, nơi Shinji phải đối mặt với những bí mật đen tối và những âm mưu kinh hoàng đằng sau bức màn của Evangelion.
