Trong BoBoiBoy (Phần 3), cuộc chiến chống lại thế lực đen tối Ejo Jo trở nên khốc liệt hơn bao giờ hết. Để có thể đánh bại kẻ thù nguy hiểm này, BoBoiBoy không chỉ cần dựa vào những sức mạnh vốn có, mà còn phải khám phá và làm chủ sức mạnh nguyên tố mới đầy tiềm năng. Hành trình này không hề dễ dàng, đòi hỏi BoBoiBoy phải nỗ lực hết mình, vượt qua những thử thách cam go. Bên cạnh đó, một bất ngờ lớn đang chờ đợi BoBoiBoy và những người bạn: họ sẽ phải hợp tác và kết bạn với những kẻ thù cũ để cùng nhau đối mặt với một mối đe dọa lớn hơn. BoBoiBoy (Season 3) đánh dấu một bước ngoặt quan trọng trong cuộc phiêu lưu của BoBoiBoy, khi cậu và những người bạn phải đảm đương những nhiệm vụ trọng đại, mang tính quyết định cho số phận của vũ trụ.
