Trong "Năng Lực Siêu Nhiên - SPEC: Zero", khán giả sẽ chứng kiến hành trình đầy bi kịch và những bí mật đen tối của Saya Toma. Mất đi gia đình trong một tai nạn máy bay kinh hoàng, Saya Toma, khi đó còn là một nữ sinh trung học, đã nhận được thông tin chấn động từ thám tử Akio Kondo: cái chết của người thân cô có thể liên quan đến những kẻ sở hữu "spec" - năng lực siêu nhiên đặc biệt. Sáu năm sau, không nguôi ngoai nỗi đau và ám ảnh bởi lời nói của vị thám tử, Saya Toma quyết tâm trở thành một thám tử. Cô trở về Nhật Bản sau thời gian dài được đào tạo bài bản bởi FBI tại Hoa Kỳ. Với kiến thức và kỹ năng được trang bị, Saya Toma được giao nhiệm vụ giải quyết những vụ án bí ẩn và chưa có lời giải tại Cục Công an. Tuy nhiên, vận mệnh nghiệt ngã vẫn chưa buông tha cô. Do âm mưu thâm độc của Satoshi Chii, Juichi Ninomae, em trai của Saya, xem cô như kẻ thù giết cha mẹ mình và tìm mọi cách đẩy cô vào bước đường cùng. Sự xảo quyệt của Satoshi Chii còn khiến hai anh em Saya Toma và Juichi Ninomae quên mất mối quan hệ huyết thống. Định mệnh trớ trêu đẩy họ vào một cuộc chiến sống còn, nơi mà tình thân và lòng hận thù đan xen. Giữa vòng xoáy nguy hiểm ấy, một cô gái tên Maho Ueno xuất hiện và bị cuốn vào cuộc chiến. Để bảo vệ Maho Ueno, Saya Toma buộc phải khai thác và sử dụng "spec" của mình, hé lộ những bí mật kinh hoàng và đẩy câu chuyện lên đến đỉnh điểm.
