Tiếp nối những sự kiện đầy kịch tính của 'Grisaia no Kajitsu' và 'Grisaia no Meikyuu', 'Grisaia no Rakuen' mở ra một chương mới đầy rẫy những âm mưu và hiểm nguy. Kazami Yuuji, nhân vật trung tâm của câu chuyện, bất ngờ rơi vào vòng lao lý khi bị tình nghi dính líu đến một tổ chức khủng bố quốc tế. Thủ lĩnh của tổ chức này, tên tội phạm khét tiếng Heath Oslo, đã vượt qua các lớp phòng thủ nghiêm ngặt để xâm nhập vào Nhật Bản, mang theo một thứ vũ khí hủy diệt hàng loạt vô cùng nguy hiểm. Trong lúc Yuuji phải đối mặt với những cáo buộc nghiêm trọng, học viện Mihama, nơi anh từng gắn bó, cũng lâm vào tình cảnh khốn khó. Do những vấn đề tài chính nghiêm trọng, ngôi trường này đứng trước nguy cơ phải đóng cửa chỉ trong vòng một tháng ngắn ngủi. Các nữ sinh còn lại, những người từng được Yuuji che chở và bảo vệ, giờ đây phải tự mình tìm cách vượt qua khủng hoảng, đối mặt với những thách thức sinh tồn khắc nghiệt nhất. Liệu họ có thể cứu lấy học viện Mihama và minh oan cho Yuuji trước khi quá muộn? Tất cả sẽ được hé lộ trong 'Grisaia no Rakuen', một câu chuyện về lòng dũng cảm, sự kiên trì và tình bạn vượt qua mọi khó khăn.